Le comité fixe lui-même ses règles de fonctionnement, relatives notamment à son mode de convocation et de délibération, à son agenda de travail et aux modalités pratiques d'organisation de ses réunions.
Il se réunit au moins une fois par trimestre et obligatoirement sur la demande de l'inspecteur du travail du ressort, qui reçoit le compte-rendu de chacune de ses activités.
L'inspecteur du travail peut, s'il le juge utile, participer aux réunions du comité.