Les zones de protection spéciale sont créées par décret, sur proposition du Ministre chargé de l'Environnement, et en rapport avec les autres ministres concernés, en cas de besoin.
La proposition s'appuie sur la qualité remarquable de la zone, son caractère sensible, les enjeux ou les usages particuliers existants ou potentiels qui y sont associés, et le niveau de pollution observé, ainsi que les circonstances propres à en aggraver les inconvénients.
Le décret de création d'une zone de protection spéciale indique la structure opératrice chargée de préparer l'élaboration du plan de gestion de la zone de protection spéciale ainsi créée. La proposition doit justifier de la capacité de la structure à remplir cette fonction.
Le décret de création est pris après avis des collectivités territoriales concernées, ou de toute autre partie prenante intéressée.