L'effluent rejeté ne doit en aucun cas entraîner la détérioration du milieu récepteur.
Les normes de rejet des effluents dans les milieux récepteurs sont définies par arrêté interministériel des Ministres chargés de l'Environnement, de l'Hydraulique, de la Pêche, de l'Assainissement, de la Santé, de l'Agriculture, de l'Elevage, de l'Economie maritime ou des Collectivités territoriales, selon le cas.
Pour les navires, une analyse environnementale initiale est exigée de tout exploitant voulant utiliser les milieux récepteurs naturels pour effectuer des rejets d'effluents.
Le certificat de conformité environnementale délivrée à l'issue de l'analyse environnementale initiale requise pour les exploitants des navires vaut autorisation de rejets. Cette autorisation est conditionnée par les résultats de l'analyse environnementale initiale.
Le contrôle des rejets est effectué par tout agent assermenté et habilité et par les laboratoires agréés.