L'organe en charge de la régulation des marchés publics assure, outre son rôle de conseil, un contrôle a posteriori du respect des règles nationales et communautaires relatives à la passation et à l'exécution des marchés publics.
A ce titre, l'organe en charge de la régulation des marchés publics :
a) commande, à la fin de chaque exercice budgétaire, un audit indépendant sur un échantillon aléatoire de marchés ;
b) peut initier et procéder à tout moment, avec ses moyens propres ou d'autres moyens, à des contrôles externes ou enquêtes portant sur la transparence et les conditions de régularité des procédures d'élaboration et de passation ainsi que des conditions d'exécution des marchés publics et du respect des obligations sociales et environnementales ;
c) rend compte à l'autorité contractante concernée, au Ministre du secteur concerné et au Ministre chargé des Finances, de la procédure suivie lors des contrôles et enquêtes, des anomalies relevées et propose, le cas échéant, des améliorations ;
d) saisit les autorités compétentes au niveau national ou communautaire de toutes infractions ou irrégularités constatées au cours des enquêtes et contrôles effectués ;
e) tient et publie la liste des personnes physiques et morales exclues des procédures de passation ;
f) rend compte des contrôles effectués dans un rapport annuel transmis au Président de la République, au Président de l'Assemblée nationale, au Premier Ministre, au Ministre chargé des Finances et au Premier Président de la Cour des Comptes. Le rapport donne ensuite lieu à publication.